Durante gran parte del siglo XIX, Ilha Grande fue un albergue para poner en cuarentena de los enfermos que venían del extranjero, y tiempo más tarde se transformó en una colonia de enfermos de lepra.
En la década de 1960, se construyó la Colonia Penal Cândido Mendes, donde eran enviados algunos de los más peligrosos criminales de Brasíldurante el Estado Novo y los presos políticos durante el régimen militar del año 1964.
En el año 1994, el gobierno decidió desactivar el presidio que restringía la economía de la isla y tenía graves problemas de seguridad debido a las frecuentes fugas de prisioneros.
El gobernador del Estado mandó a dinamitar el edificio donde estaba el Penal, y en el año 1998, la Universidad del Estado de Río de Janeiro (UERJ), obtuvo el derecho de cesión del área y de las dependencias que pertenecían al presidio, inaugurando el Centro de Estudios Ambientales y Desarrollo Sostenible (CEADS).
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