La región donde está ahora la ciudad de Belén era ocupada antiguamente por los indios tupinambás.
La ciudad se fundó el 12 de enero de 1616 por Francisco Caldeira Castelo Branco, enviado por la corona portuguesa para defender la región contra los intentos de colonización de los franceses, holandeses y británicos.
Entonces, se construyó una fortaleza llamada Forte do Presépio (actualmente llamado Forte do Castelo).
El primer nombre de la ciudad fué Feliz Lusitânia, luego se la llamó Santa Maria do Grão Pará, mas tarde Santa Maria de Belém do Grão Pará, para finalmente recibir su nombre actual Belém.
Belén siempre estuvo fuertemente ligada a Portugal, aceptó la independencia de Brasil en agosto del año 1823, casi un año después de su declaración.
Entre los años años 1835 y 1840 fue centro de la revuelta del Cabanagem, con que se derriba el gobierno local. Posteriormente el emperador Pedro II le concedió el título de municipio imperial.
A finales del siglo XIX, Belém adquiere gran importancia comercial por el crecimiento de la producción del caucho. De esa época datan algunso edificios emblemáticos de la ciudad, como son el Palácio Lauro Sodré, el Colégio Gentil Bittencourt, el Teatro da Paz (1878), el Palácio Antônio Lemos y el Mercado do Ver-o-Peso (1901).
