Por su ubicación, este archipiélago quizás fue uno de los primeros lugares descubiertos por navegantes europeos en el Hemisferio Sur.
El archipiélago ya aparecía con el nombre de São João da Quaresma (San Juan de la Cuaresma) en el mapa más antiguo de Brasil, el planisferio de Cantino del año 1502.
El primer hombre cuyo desembarco en las islas haya sido documentado, fue Américo Vespucio, en el año 1503.
Al año siguiente, el archipiélago fue donado al hidalgo Fernando de Noroña, quien financió la expedición de Vespucio. El archipielago fue asediado por franceses e ingleses durante más de un siglo, hasta que pasó a manos holandesas en el año 1629. En el año 1654, los holandeses perdieron Pernambuco a manos de Portugal, y Fernando de Noroña pasó a ser de dominio portugués.
Con la firma del Tratado de Utrecht en el siglo XVIII, el archipiélago comenzó a poblarse, y se destaca Vila dos Remédios (Villa de los Remedios), cuya fortaleza comenzó a ser construida en el año 1737, y que se completó 41 años más tarde.
La Vila dos Remédios desde el principio fue considerada una correccional, a donde llegaban presos comunes llegados de Pernambuco. El presidio común de Fernando de Noroña funcionó durante 201 años.
En el año 1832, Charles Darwin visitó el archipiélago con su famosa expedición a bordo del HMS Beagle.
Por su ubicación estratégica fue escala de varias actividades.
En el año 1898, sirvió como escala entre Brasil y África para el tendido del cable telegráfico transoceánico.
Entre los años 1927 y el 1934, sirvió de apoyo a las travesías de los hidroplanos de Aéropostàle, la línea aérea francesa.
En la Segunda Guerra Mundial, en el año 1938, el presidio común fue transformado en presidio político. Fernando de Noroña sirvió hasta el final de la guerra como la principal base militar de Brasil en el Océano Atlántico.
La guerra transformó totalmente a la isla mayor, ya que las edificaciones fueron reformadas para albergar a los tres mil militares estacionados allí, se construyó una segunda pista de aterrizaje, se construyeó un hospital, una planta de energía eléctrica, un nuevo muelle y un cine al aire libre.
Al terminar la guerra, la población civil comenzó a aumentar paulatinamente, y se reactivó el desarrollo de la infraestructura.
En el año 1988, fue reintegrado al estado de Pernambuco, e inició su despliegue como centro turístico y de recreación.
